El Museo del Convento de San Francisco tiene un rico patrimonio y su existencia es testimonio de su importancia para los granadinos. Adosado a la iglesia está el Convento de San Francisco y ambas estructuras fueron erigidas por primera vez en 1525, junto con el resto de la ciudad de Granada. Lamentablemente esta ciudad estaba plagada de piratas que saqueaban las ciudades y quemaban lo que no podían llevarse consigo. Esto llevó al incendio del Museo del Convento de San Francisco en 1665 y nuevamente en 1685. El pueblo de Granada disfrutó de un breve período de paz en el que reconstruyeron su amada ciudad y trataron de recuperar todo lo que habían perdido. En 1856 William Walker y su grupo de mercenarios atacaron Granada. Una vez más se perdió todo, incluida la iglesia y el convento. El pueblo de Granada tuvo coraje y, a pesar de años de turbulentas incursiones piratas y ataques a su ciudad, comenzaron a reconstruirla una vez más. La destrucción del convento fue devastadora y de la estructura original sólo quedan los muros exteriores, el vestíbulo, parte de la torre y las gradas.